A estrutura orgânica da Procuradoria da República da Comarca de Setúbal, integra, o magistrado do Ministério Público coordenador da Comarca, o Director/Coordenador do Diap, os Procuradores da República Coordenadores, os Procuradores da República e os Procuradores-Adjuntos e é constituída por diversos departamentos que dela dependem hierarquicamente:
— O Departamento de Investigação e Acção Penal (DIAP), com sede em Setúbal, composto pelas seguintes secções:
DIAP – 1.ª Secção de Setúbal/Palmela;
DIAP – 2.ª Secção de Setúbal/Palmela;
Secção Local de Sesimbra;
Secção Local de Grândola/Alcácer do Sal;
Secção Local de Santiago do Cacém/Sines;
com competência para dirigir e exercer acção penal de todos os inquéritos criminais, coordenado por magistrado com a categoria de Procurador da República, organizado por secções de competência especializada (destinadas à investigação de criminalidade violenta/de violência doméstica/abusos sexuais/ maus tratos/maus tratos a animais e, de informática, sedeadas em Setúbal) e por secções de competência genérica, sedeadas nos municípios onde se encontram as instâncias locais de competência genérica.
— A Procuradoria do Juízo Central Cível – Secção de Competência Especializada, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Palmela, Santiago do Cacém, Sesimbra, Setúbal e Sines, à qual se encontra afeto um magistrado, com a categoria de Procurador da República, a quem incumbe a função de representação do Ministério Público / preparação, acompanhamento e intervenção nos processos em fase de julgamento e, eventualmente na fase de recurso.
— A Procuradoria do Juízo Central Criminal – Secção de Competência Especializada, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Palmela, Santiago do Cacém, Sesimbra, Setúbal e Sines, à qual se encontram afetos dois magistrados, com a categoria de Procurador da República a quem incumbe a função de representação do Ministério Público / preparação, acompanhamento e intervenção nos processos em fase de julgamento e, eventualmente na fase de recurso.
— A Procuradoria do Juízo Central de Instrução Criminal, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Palmela, Santiago do Cacém, Sesimbra, Setúbal e Sines, à qual se encontra afeto um magistrado, com a categoria de Procurador da República a quem incumbe a função de representação do Ministério Público / preparação, acompanhamento e intervenção nos processos em fase instrução criminal.
— As Procuradorias do Juízo Central de Família e Menores de Setúbal , com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Palmela, Sesimbra e Setúbal e do Juízo Local de Santiago do Cacém, com sede em Santiago do Cacém, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Santiago do Cacém e Sines, às quais se encontram afetos cinco magistrados (quatro e um) respetivamente, com a categoria de Procurador da República aos quais incumbem funções de orientação e fiscalização do trabalho do Ministério Público na área de família e menores, representar o MP nas diligências e nas audiências de julgamento, assegurar a tramitação de todos os processos relativos a essa jurisdição bem como representar o MP nas Comissões de Protecção das Crianças e Jovens da respetiva área de jurisdição.
— As Procuradorias do Juízo Central de Trabalho de Setúbal, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Palmela, Sesimbra e Setúbal e do Juízo Local de Santiago do Cacém, com sede em Santiago do Cacém, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Santiago do Cacém e Sines às quais se encontram afetos três magistrados (dois e um) respetivamente, com a categoria de Procurador da República aos quais incumbem funções de orientação e fiscalização do exercício da acção do Ministério Público na jurisdição laboral, assegurando a representação do MP nas diligências e nas audiências de julgamento, em que o MP deva estar presente bem como a tramitação de todos os processos relativos à jurisdição laboral.
— A Procuradoria do Juízo Central de Comércio - com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Palmela, Santiago do Cacém, Sesimbra, Setúbal e Sines, à qual se encontra afeto um magistrado, com a categoria de Procurador da República a quem incumbe a função de representação do Ministério Público / preparação, acompanhamento e intervenção nos processos em fase de julgamento e, eventualmente na fase de recurso.
— A Procuradoria do Juízo Central de Execução, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal, Grândola, Palmela, Santiago do Cacém, Sesimbra, Setúbal e Sines, à qual se encontra afeto um magistrado, com a categoria de Procurador da República ao qual incumbe a função de representação do Ministério Público nos processos executivos.
O Tribunal da Comarca de Setúbal integra, ainda, as seguintes secções dos Juízos Locais:
— Secção de competência genérica, com sede em Grândola, com área de competência territorial nos municípios de: Alcácer do Sal e Grândola;
— Secção de competência genérica, com sede em Santiago do Cacém, com área de competência territorial nos municípios de: Santiago do Cacém e Sines;
— Secção de competência genérica, com sede em Sesimbra, com área de competência territorial no município de: Sesimbra;
— Secção de competência genérica, com sede em Setúbal, com área de competência territorial nos municípios de: Palmela e Setúbal, desbobrada em matéria cível e criminal, às quais se encontram afetos magistrados com a categoria de Procurador-Adjunto, a quem compete representar o MP nas secções genéricas ou especializadas, cíveis e criminais, dos Tribunais respectivos, assegurar a tramitação de todos os processos (cíveis e criminais que não sejam da competência da instância central), tramitando os Inquéritos e exercendo as demais competências previstas na Lei para os Procuradores-Adjuntos.
— Secção de proximidade de Alcácer do Sal.
O quadro legalmente previsto de magistrados do Ministério Público, para além do Magistrado Coordenador da Comarca é o seguinte:
— Procuradores da República: de 13 a 14.
— Procuradores-Adjuntos: 22 a 24
Nas jurisdições cível, criminal, família e menores e trabalho, encontra-se nomeado, Magistrado do Ministério Público, com a categoria de Procurador da República, com funções de coordenação sectorial, nos termos do art.º 99.º, n.º 3 da Lei n.º 62/2013 de 26 de agosto.
Na Comarca de Setúbal, existe uma Secretaria Única, dirigida pelo Administrador Judiciário, que assegura o expediente das respetivas secções, a qual dispõe de acesso ao sistema informático da Comarca (art.ºs 106.º da Lei 62/2013 de 26 de agosto e 39.º, n.º 1, do Decreto-Lei n.º 49.º/2014 de 27 de março).
Em cada um dos municípios onde se mostrem instaladas secções de instância local ou secções de proximidade, existe um núcleo que assegura as funções da secretaria, sendo que as secretarias compreendem serviços Judiciais e do Ministério Público e serviços administrativos (art.º 39.º, n.ºs 2 e 3 do Decreto-Lei n.º 49/2014 de 27 de março).
No exercício das funções que lhe estão atribuídas, os departamentos ou núcleos da Procuradoria da Comarca de Setúbal, são coadjuvados por funcionários da secretaria única, de acordo com as regras previstas no art.º 48.º do Decreto-Lei n.º 49/2014 de 27 de março.